水箱自洁消毒器主要有两种工作原理：

1. 微电解原理：

①这种类型的水箱自洁消毒器利用特殊材料制成的金属电极，在适当的外加电压作用下，使流经的水发生微电解反应。在这个过程中，水中溶解的氯离子、氧分子及水分子会产生多种强氧化性物质，如二氧化氯（ClO₂）、活性氧（O）、臭氧（O₃）、次氯酸（HClO）等。

②这些强氧化性物质会通过水的扩散，对水箱中的所有水以及水箱内壁进行处理。它们能够破坏水中及水箱内壁的细菌、藻类等微生物细胞，从而达到消毒、灭藻的效果，还能在新管壁上生成氧化性被膜，抑制微生物腐蚀和沉积腐蚀。

2. 臭氧氧化原理：

①该原理是先通过设备使氧气（或空气）通过高频高压电场，将氧转化为臭氧，然后让臭氧及时与水混合。由于臭氧具有强氧化作用，所以能够快速杀灭水中的细菌。

②可以通过改变进水压力、气量、电流等方式来调节臭氧的产生量，从而达到最佳的杀灭细菌效果。因为臭氧在水中的氧化还原电位较高，所以在臭氧量仅为氯的万分之一时，灭菌效果就比氯及其它药剂快 600 - 3000 倍，数秒内可杀死细菌。

这两种工作原理的水箱自洁消毒器都能在一定程度上改善水箱内的水质，并且具有安装方便、操作简单、无需添加化学药剂等优点。